El 26 de agosto de 1550 se funda en Santafé de Bogotá el Convento de Nuestra Señora del Rosario, hoy Convento de Santo Domingo. Para 1568 en noviembre fue elegido y confirmado San Luis Bertrán como prior conventual.
Por 1571 se establece en el claustro un estudio superior con curso de humanidades, filosofía y teología. En 1573, Felipe II, mediante Cédula Real autoriza a fray Juan Méndez la creación del Colegio de Santo Tomás, primer colegio del Nuevo Reino y decano de los colegios de Colombia y en 1580 el Papa Gregorio XIII erige el estudio conventual de Santafé en Universidad, mediante la bula Romanus Pontifex. En la fecha nace el Primer Claustro Universitario de Colombia, Universidad Santo Tomás. Desde 1582 los dominicos de Santafé de Bogotá tuvieron cátedra de lengua indígena y era obligatorio su estudio para los misioneros a fin de facilitar su labor como doctrineros. Data del año de 1619 la publicación de la primera gramática Muisca compuesta por fray Bernardo de Lugo.
El 20 de julio de 1810, fecha del grito de Independencia, el Convento de Santafé de Bogotá fue protagonista de las luchas por la libertad y en sus salones se inauguró el parlamento colombiano. Fray Mariano Garnica, prior del Convento, es uno de los firmantes del Acta de Independencia. El convento fue clausurado violentamente por el gobierno de Tomás Cipriano de Mosquera en noviembre de 1861.
Fue restaurado el 12 de noviembre de 1902 y en 1939, el antiguo claustro del convento fue demolido y su templo en 1946; el mismo año el 12 octubre, el Arzobispo de Bogotá Ismael Perdomo, bendice la primera piedra para la sede del nuevo convento.
En 1953 el 4 de agosto, se inaugura en su nueva sede al nororiente de la ciudad, en el sector denominado Bosque Calderón Tejada y con el nombre de Santo Domingo. El primer lunes de febrero de 1954 se inician las labores escolares el Seminario Apostólico Dominicano Jordán de Sajonia, contiguo al convento.
En 1961, por disposición del Maestro de la Orden, fray Miguel Brown, se inaugura el Estudio General el 20 de mayo. El 6 de octubre de 1968, fiesta del Santísimo Rosario, el prelado de Bertrania, fray Juan José Díaz Plata, último prior del antiguo Convento del Rosario, bendice la Iglesia de Santo Domingo, contigua al convento.
El 28 de enero de 1980, se restablecen los estudios filosóficos, que desde 1969 estaban integrados con la facultad de filosofía y humanismo de la USTA. Comienza así el pleno restablecimiento del Studium Generale. En 1985 se restablece el ciclo teológico, adoptando el sistema cíclico y modular en su programación académica.
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