Según una leyenda, cuya existencia se puede seguir con certeza sólo hasta 1645, la pequeña capilla de la Porciúncula fue erigida con el papa Liberio (352-66) por los eremitas del valle de Josafat, quienes habrían llevado al lugar reliquias de la tumba de la Virgen. La misma leyenda relata que la capilla pasó a poder de san Benito en 516. Se conoció como Nuestra Señora del Valle de Josefat o de los Ángeles, refiriéndose esta segunda advocación, según algunos, a la Asunción de la Virgen a los cielos acompañada por ángeles; según otra opinión, se atribuye el nombre al canto de los ángeles que allí se escuchó con frecuencia.
Esta pequeña iglesia fue entregada, alrededor del año 1208 a san Francisco por el abad de san Benito de monte Subasio, con la condición de hacer de ella la iglesia madre de su familia religiosa. Estaba en malas condiciones, abandonada en un bosque de robles. La restauró con sus propias manos. En esta iglesia, el 24 de febrero de 1208, san Francisco oyó la llamada de Jesús para que eligiera una vida de absoluta pobreza.
Esta pequeña iglesia se convirtió en el hogar de san Francisco y pronto de sus primeros discípulos. En esta iglesia san Francisco fundó la orden de hermanos menores y desde ese momento nunca la han abandonado los frailes. El domingo de ramos de 1211 san Francisco recibió en esta iglesia a Clara de Asís y la dedicó al Señor. Los capítulos generales, las reuniones anuales de los frailes, se celebraban en esta iglesia normalmente en Pentecostés, que cae en mayo o junio.
Sintiendo que se acercaba su final, san Francisco regresó a la Porciúncula en septiembre de 1226. En su lecho de muerte, san Francisco recomendó la capilla a la leal protección y cuidado de sus hermanos. Murió en el ocaso del sábado, 3 de octubre de 1226. Después de la muerte de san Francisco, el valor espiritual y carisma de la Porciúncula se hizo aun mayor. El propio san Francisco había indicado que la Porciúncula fue la fuente original de inspiración y el modelo para todos sus seguidores.
