De acuerdo con los Evangelios, Jesús nació en un pesebre, en torno a Belén, donde se usaban tradicionalmente grutas como establo. Desde el Siglo II hay constancia escrita acerca de que Jesús nació en una gruta. Tras la expulsión de los judíos de Tierra Santa, en el siglo II, los romanos transforman la gruta donde se creía que había nacido Jesús en un lugar de culto a Tammuz-Adonis, para borrar con ello la memoria del culto de los cristianos. El emperador romano Constantino manda construir un templo en torno a la gruta.
El edificio original fue construido por el obispo Macario I de Jerusalén, durante el primer Concilio de Nicea el año 325. En el año 529, durante la rebelión de los samaritanos, fue quemado y destruido completamente.
Curiosamente, las tropas persas de Cosroes el año 614, refrenaron su furor al ver, en la fachada del templo, representados a los Magos a usanza nacional persa (gorro frigio) y de este modo, se abstuvie-ron de destruir la Basílica. El 638 el califa Omar vino a orar en el ábside meridional y permitió que entrasen sus secuaces en pequeños grupos, pero desde el siglo IX y X no se respeto ya esta costumbre. En tiempo del califa Hakem (1010) la Basílica se libró de la ruina común por un hecho tan extraordinario, que en las crónicas contemporáneas figura como milagro.
En 1099 los betlemitas invocaron a Buillón, acampado en Emaús, la defensa del Santuario. Enseguida vino Tancredo con 100 soldados, y al día siguiente, por la mañana se izaba su bandera entre las aclamaciones del pueblo.
En 1187 Saladino se apodero de Belén, pero respetó el Santuario, donde en 1192 por la insistencia del obispo de Salisbury, Uberto Walter, fue restablecido el culto latino, bajo el pago del tributo por parte de los fieles.
Después de la caída del reino latino (1291) a los canónigos regulares de San Agustín suceden, el año 1347, los Franciscanos en el oficio de custodios de la Basílica. Los itinerarios mas conocidos de la época y varios firmanes turcos, atestiguan su posesión de la Gruta del Nacimiento además del derecho al uso y a la manutención de la Basílica en los ss. XIV y XV. En efecto, a finales del s. XIV, el P. Gerardo Calveti, Guardián del Monte Sión, recorría Europa para incitar a los príncipes cristianos a proveer a la restauración del venerado santuario.
Bajo el guardián P. Giovanni Tomacelli de Nápoles, en 1479, fue rehecha toda la madera del techo, con otras maderas preparadas en Venecia, y transportadas desde allí en galeras de la Republica a Jafa. Los costes fueron sostenidos por el duque de Borgoña, Felipe el Bueno, y el plomo para el techo fue donado por Eduardo IV de Inglaterra.
Con el siglo XVI entramos en el periodo de la luchas para la posesión del Santuario entre Franciscanos y Griegos, propiedad que pasa de unos a otros según el favor que gozaban ante la Sublime Puerta las naciones en las cuales se apoyaban las dos comunidades.
Durante la guerra entre el Imperio Otomano y la Republica de Venecia (1645-1669), acabada con la expulsión de los venecianos de la isla de Creta, los griegos reciben la autorización para rehacer el cobertizo ya estropeado y tornar posesión de la Gruta y de la Basílica.
En 1690 los latinos entraron de nuevo en posesión de la Gruta y en 1717 colocan una nueva estrella de plata, en el puesto de la antigua deteriorada por el tiempo. Este estado de cosas dura hasta 1757 cuando los griegos se apoderan de nuevo de la Basílica y en la Gruta del altar del Nacimiento.
Los mismos griegos, el l2 de octubre de 1847 hicieron desaparecer la estrella que desmentía sus pretendidos derechos, y sólo después de una fuerte protesta, presentada por el embajador de Francia a la Sublime Puerta, en nombre de las naciones latinas, un firman garantizó el "Statu quo" de los Santuarios e impuso que la estrella fuera puesta de nuevo en su sitio en 1853. A pesar de este firman los Franciscanos tuvieron que pagar aún con su sangre la defensa de sus últimas propiedades.
El 25 de abril de 1873 grupos de griegos invadieron la Basílica de la Natividad, hirieron a 8 Franciscanos, saquearon el Pesebre, estropeando los cuadros y los tapices y robando los demás objetos. Desde entonces, por orden de la Sublime Puerta, un soldado hacia guardia junto al Altar del Nacimiento y las paredes fueron recubiertas de tela de amianto, regalada por el Presidente de la Republica Francesa Mac-Mahon (1874), para impedir nuevos intentos de incendio.
En 1917, entrando las tropas aliadas en Palestina, se mantuvo el centinela en la Gruta, se conservo el "Statu quo", pero esto no ha impedido que la sangre franciscana bañara aún las piedras del Pesebre: la última vez sucedió el 5 de enero de 1928. En la actualidad las relaciones entre las tres Comunidades, han mejorado muchísimo y conviven en paz.
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