La iglesia de Santa Cecilia in Transtévere, localizada al otro lado del rio Tiber en Roma, guarda gracias al Papa San Pascual I (817-824) las reliquias de Santa Cecilia, junto con las de los santos Tiburcio, Valeriano y Máximo.
En 1599, el cardenal Sfondrati restauró la iglesia en honor a la Santa en Transtévere y volvió a enterrar las reliquias de los cuatro mártires allí. Según se dice, el cuerpo de Santa Cecilia estaba incorrupto y entero, por más que el Papa Pascual había separado la cabeza del cuerpo, ya que, entre los años 847 y 855, la cabeza de Santa Cecilia formaba parte de las reliquias de los Cuatro Santos Coronados. Se cuenta que, en 1599, se permitió ver el cuerpo de Santa Cecilia al escultor Maderna, quien esculpió una estatua de tamaño natural, muy real y conmovedora. "No estaba de espaldas como un cadáver en la tumba," dijo más tarde el artista, "sino recostada del lado derecho, como si estuviese en la cama, con las piernas un poco encogidas, en la actitud de una persona que duerme." La estatua se halla actualmente en la iglesia de Santa Cecilia, bajo el altar próximo al sitio en el que se había sepultado nuevamente el cuerpo en un féretro de plata. Sobre el pedestal de la estatua puso el escultor la siguiente inscripción: "He aquí a Cecilia, virgen, a quien yo vi incorrupta en el sepulcro. Esculpí para vosotros, en mármol, esta imagen de la santa en la postura en que la vi."
De Rossi determinó el sitio en que la santa había estado originalmente sepultada en el cementerio de Calixto, y se colocó en el nicho una réplica de la estatua de Maderna.
Sin embargo, el P. Delehaye y otros autores opinan que no existen pruebas suficientes de que, en 1599, se haya encontrado entero el cuerpo de la santa, en la forma en que lo esculpió Maderna. En efecto, Delehaye y Dom Quentin subrayan las contradicciones que hay en los relatos del descubrimiento, que nos dejaron Baronio y Bosio, contemporáneos de los hechos. Por otra parte, en el período inmediatamente posterior a las persecuciones no se hace mención de ninguna mártir romana llamada, Cecilia. Su nombre no figura en los poemas de Dámaso y Prudencio, ni en los escritos de Jerónimo y Ambrosio, ni en la "Depositio Martyrum" (siglo IV). Finalmente, la iglesia que se llamó más tarde "titulus Sanctae Caeciliae" se llamaba originalmente "títulus Caecilia", es decir, fundada por una dama llamada Cecilia.
La fachada actual de la basílica data de 1725 y es obra de Ferdinando Fuga, conocido por sus obras en Roma y Nápoles en el siglo XVIII.
En el ábside se conserva un mosaico del siglo IX.
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Entre los vestigios que permanecen del edificio del siglo XIII y ubicado en el coro se encuentra el juicio finalsegún diseños de Pietro Cavallini.
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Además de las obras de sus capillas y dos excelentes retablos, se observa la Apoteosis de Santa Cecilia, en la nave central, una obra de Sebastiano Conca de 1721.
El altar cuenta con un ciborio (la estructura que cubre el altar) de finales del siglo XIII de Arnofo di Cambio,
y principalmente la obra de Stefano Maderno, que es la escultura del martirio de Santa Cecilia, (que hemos comentado anteriormente) datada en el 1600. Tumbada. Con los ojos tapados y con marcas evidentes de la decapitación.
