La devoción al Corazón de Jesús es de origen medieval, siendo los escritos de santa Matilde de Hackeborn, santa Gertrudis de Helfta y santa Ángela de Foligno los testimonios más antiguos. Sin embargo, la fuente más importante de la devoción, en la forma en que la conocemos actualmente, es Santa Margarita María Alacoque de la Orden de la Visitación de Santa María, a quien Jesús se le apareció el 27 de diciembre de 1673. En dichas apariciones, Jesús le dijo que quienes oraran con devoción al Sagrado Corazón, recibirían muchas gracias divinas.
El confesor de santa Margarita María Alacoque fue San Claudio de la Colombière, quien, creyendo en las revelaciones místicas que ella recibía, propagó la devoción. Los jesuitas extendieron la devoción por el mundo a través de los miembros de la Compañía, y los libros de los jesuitas Juan Croisset y José de Gallifet fueron fundamentales para esta difusión. A pesar de controversias y de opositores, como los jansenistas, los fieles confiaron en la promesa que Jesús hizo a la Santa: "Mi Corazón reinará a pesar de mis enemigos".
Santa Margarita María de Alacoque nació el 22 de julio de 1647 en la pequeña aldea francesa de Hautecour, pequeña ciudad cercana a Paray-le-Monial. Después de fallecer su padre, fue internada en el pensionado de las religiosas clarisas. Desde entonces empezó a vivir una vida de sufrimiento que supo encauzar hacia Dios: “Sufriendo entiendo mejor a Aquél que ha sufrido por nosotros”, decía.
Tuvo una enfermedad que la inmovilizó y de la que se curó milagrosamente por intercesión de la Virgen María: “La Santísima Virgen tuvo siempre grandísimo cuidado de mí; yo recurría a Ella en todas mis necesidades y me salvaba de grandísimos peligros...” El 20 de junio de 1671 entró al monasterio de la Visitación de Paray-le-Monial.
En la festividad de san Juan Evangelista de 1673, sor Margarita María, que tenía 25 años, estaba en adoración ante el Santísimo Sacramento. En ese momento tuvo la primera de sus visiones de Jesucristo, que se repetirían durante dos años más, todos los primeros viernes de mes.
El Monasterio de Paray le Monial había sido un antiguo priorato cluniacense. Se vio fuertemente afectado por la Peste negra de 1346-1348, por la Guerra de los Cien Años y por las guerras de religiones. Al fundarse la Visitación de Santa María, en el siglo XVII, tanto el antiguo monasterio, como su iglesia, pasaron a albergar una comunidad de religiosas de esta orden.
En 1671 Margarita María Alacoque (1647-1690), entra en este monasterio para hacese religiosa. En 1675 le habría dicho: "He aquí el corazón que ha amado tanto a los hombres, que no se ha ahorrado nada, hasta extinguirse y consumarse para demostrarles su amor. Y en reconocimiento no recibo de la mayoría sino ingratitud". Sus confesores y en general, la comunidad jesuita, se encargó de difundir esta particular devoción, que se fortaleció a partir del siglo XIX.
Dado el éxito creciente de la devoción, en 1875 la antigua iglesia clunicense adopta el nombre de "Basílica del Sagrado Corazón de Jesús". En el siglo XX, la devoción decae en Francia y con ella el flujo de peregrinos al santuario, que entra en decadencia. En 1986 la Comunidad del Emmanuel se hizo cargo del santuario, que actualmente atrae unos 3000 peregrinos cada año.